Ce travail repond a une problematique suscitee par la critique genetique. Cette discipline etudie la genese des oeuvres litteraires grace aux brouillons d'ecrivains en recherchant, entre autres, les deplacements entre deux versions d'un meme texte. Ceci nous a amene a definir la problematique de l'alignement textuel monolingue avec recherche de deplacements. D'un point de vue informatique, nous avons mis a jour la necessite de calculer un alignement entre deux textes de type distance d'edition avec recherche des deplacements, ce qui est NP-difficile. Nous proposons une formalisation en un probleme d'optimisation combinatoire multiobjectif integrant un objectif syntaxique. Un algorithme d'alignement de sequences par fragments est propose. En bioinformatique, cette technique permet de traiter des genomes de mammiferes. Notre algorithme est base sur la coordination de la resolution des recouvrements entre occurrences d'une repetition. Il resout le probleme avec une complexite efficace et passe a l'echelle. Il est maintenant utilise par les geneticiens du texte afin d'etudier les brouillons d'ecrivains."