Si bien es cierto que ya se han comenzado a tratar las aguas residuales municipales para su reuso, una nueva problemática ha surgido en años recientes en torno a su tratamiento y reuso y, está relacionada con la presencia de compuestos disruptores endócrinos, farmacéuticos y productos para el cuidado personal. Algunos de estos compuestos causan serios problemas en los organismos vivos a niveles de nanogramos y otros, además generan resistencia a poblaciones microbianas hacia el ataque de ciertos compuestos. Este trabajo estuvo enfocado en la determinación de los mecanismos de remoción de tres contaminantes emergentes (estrona (E1), 17β-estradiol (E2) y 17α-etinilestradiol (EE2)) presentes en aguas residuales municipales a través de bio-reactores con membranas (BRM). Se determinó la presencia de estos compuestos en aguas residuales del Emisor Central y Gran Canal provenientes de la Cd. de México y su remoción en un BRM escala piloto. El trabajo debe ayudar a dilucidar los mecanismos de remoción de estos compuestos y las herramientas matemáticas utilizadas en esta investigación pueden resultar muy útil para profesionales e investigadores en el campo de la Ingeniería Ambiental.