Ein weiterer Schwerpunkt des Briefwechsels besteht in der Untersuchung des Substanzbegriffes. Leibniz' Theorie der körperlichen Substanzen ist hier zugleich Auseinandersetzung mit der scholastischen und cartesianischen Tradition sowie Entfaltung der eigenen Position. In der Rede von der Seelenhaftigkeit jeder individuellen Substanz klingt dabei bereits sehr deutlich der spätere monadologische Gedanke an. Thema der Korrespondenz sind ferner die prästabilierte Harmonie (die noch hypothese de la comcomitance heißt), das principium optimum und die Repräsentationslehre. Die Einwände Arnaulds zwingen Leibniz nicht nur immer wieder dazu, sich mit größter Präzision der Anstrengung des Begriffs zu unterziehen; dadurch wird manches schärfer und klarer formuliert, als es in seinen Schriften der Fall ist. Die vielfältigen Konzepte und Ansätze zeugen auch von der Mühe, die es Leibniz bereitete, in einer ihn selbst befriedigenden Weise auf Arnauld zu antworten. Neben seinem philosophischen Wert kommt dem Briefwechsel auch eine für die Person Leibniz wichtige kirchenpolitische Bedeutung zu; zeigt er doch, wie entschieden sich der Ireniker Leibniz dem Drängen Arnaulds und des Landgrafen Ernst von Hessen-Rheinfels - dieser vermittelte zwischen den Korrespondenzpartnern - widersetzte, zum Katholizismus überzutreten.