El estudio de los caballos Paso Peruano Argentino (PPA) y los Criollo Argentino (CA) se fundamenta en que se trata de dos razas autóctonas muy difundidas y utilizadas con múltiples propósitos en dos regiones muy distintas en Argentina. La determinación de los polimorfismos bioquímicos y los microsatélites han sido utilizados para estudiar la variabilidad genética en numerosas razas equinas. Se evaluaron los posibles mecanismos evolutivos de diferenciación genética entre y dentro de las razas en estudio. Desde el punto de vista del origen histórico, las evidencias disponibles establecen que los caballos evolucionaron en América. Donde desaparecieron por más de 8.000 años. Más tarde fueron reintroducidos por los conquistadores, existiendo diferentes criterios acerca de esto. A este respecto en el presente trabajo se estableció una mayor relación, de las razas estudiadas, con los caballos Bereberes y los ponies españoles Asturcones, que con los Pura raza española. Por último se determinaron valores de Poder de exclusión de cada sistema en particular y en conjunto para cada raza, con el fin de establecer parámetros para pruebas de identidad y filiación.