En 2005 et 2006 l'Océan Indien a subi une épidémie de chikungunya sans précédent faisant de cette arbovirose une pathologie émergente. A La Réunion, de nombreux patients infectés gardent des séquelles, notamment des arthralgies chroniques. Peu d'études ont étudié la phase chronique de la maladie. Notre étude, menée au Groupe Hospitalier Sud Réunion, a cherché à estimer l'incidence des arthralgies trois ans après une infection, et à vérifier l'hypothèse auto-immune. Parmi une cohorte de patients, nous avons ainsi choisi deux groupes de patients: 20 patients non arthralgiques et 22 arthralgiques. Leur infection a été datée par la détection du génome viral. Les patients ont consenti à un examen clinique avec questionnaire standardisé et à un prélèvement sanguin pour un bilan immunologique et des sérologies chikungunya. Nous avons évalué l'incidence à 67%, et mis en évidence une augmentation significative de 20% (p<0,05) des indices des IgG anti-chikungunya chez les patients arthralgiques, sans anomalie du bilan auto-immun rendant peu probable un mécanisme auto-immun, et suggèrant une persistance antigénique dans certains compartiments tissulaires.