O presente trabalho teve como objetivo principal comparar dois métodos de extração de elementos-traço em sedimentos que são assistidos por radiação microondas e avaliar os níveis de metais pesados um manguezal localizado na baía da Ilha Grande e em três manguezais localizados na baía de Sepetiba, estado do Rio de Janeiro, Brasil. Os elementos-traço analisados foram: Cd, Cr, Cu, Ni, Pb e Zn. Foram encontradas nos sedimentos dos manguezais estudados concentrações acima dos níveis estabelecidos pela Resolução CONAMA 344/2004 para os elementos-traço: Cd, Ni, Pb e Zn. Os resultados deste trabalho também mostraram que as capacidades de extração de elementos-traço dos métodos avaliados variam em função das características físico-químicas dos sedimentos.