O florescimento de cianobactérias em lagos e reservatórios é um problema em escala mundial, uma vez que pode degradar a qualidade da água, de modo a inviabilizar seu uso e consumo. Sendo assim, é imprescindível que haja meios para avaliar o nível de qualidade do corpo hídrico, de acordo com seu respectivo uso. A fluorescência dos pigmentos contidos nas cianobactérias é a única técnica disponível sensível o bastante para detectar cianobactérias em níveis naturais sem a necessidade de realização dos procedimentos de concentração e extração em laboratório. O pigmento acessório ficocianina, presente apenas em cianobactérias, apresenta características específicas de absorção e espalhamento da radiação, tornando-se um indicador desse grupo fitoplanctônico. A presente pesquisa buscou realizar a inferência espacial das cianobactérias em uma área de estudos localizada no reservatório de Nova Avanhandava-SP, a partir de fluorometria de campo do pigmento fitoplanctônico ficocianina.