Les rivières Saphy et Cachimayu constituent un problème environnemental à Cusco, car elles reçoivent des effluents domestiques, des débris et des déchets solides, l'utilisation de détergents phosphatés, etc. Leurs eaux contiennent des polluants organiques et inorganiques, ce qui représente un risque pour la santé publique. Il est important de déterminer la perte de qualité des deux rivières afin de proposer des politiques et des programmes de minimisation, de contrôle et de récupération. L'objectif de la recherche était de calculer l'indice de qualité de l'eau (IQE) pour les deux rivières, qui sert de méthode uniforme pour mesurer la qualité de l'eau des rivières ayant des caractéristiques similaires. La détermination de l'IQE a été effectuée en suivant la méthodologie de la NSF ; en appliquant cette méthodologie, la perte de qualité a été identifiée dans deux rivières qui doivent être conservées : la rivière Saphy diminue l'IQE de 72 à 45 et la DBO5 augmente de 32 fois ; la rivière Cachimayu montre une perte évidente de sa qualité, les coliformes fécaux augmentent de 5 fois à la fin de son cours ; ces rivières urbaines étudiées deviennent des modèles pour la gestion de l'eau des cours d'eau, par conséquent, utiles pour la réplication de la recherche dans des rivières similaires.