Die Studienbibliothek Dillingen besitzt insgesamt 488 Handschriften, von denen hier die 94 lateinischen und deutschen mittelalterlichen erschlossen werden. Beschrieben werden weiterhin das berühmte Rechnungsbuch des Speyrer Druckers Peter Drach und 28 deutsche und lateinische Fragmente. Die Geschichte der jetzigen Studienbibliothek ist eng verbunden mit der 1549 gegründeten Jesuitenuniversität Dillingen. Jedoch finden sich unter den mittelalterlichen Handschriften nur neun, die sicher im Besitz des Jesuitenkollegs waren. Der Hauptteil kam im Zuge der Säkularisation - vor allem aus der Dombibliothek und der Fürstbischöflichen Hofbibliothek Augsburg - nach Dillingen. Der regionale Bezug zeigt sich auch im Entstehungsgebiet der Handschriften: Viele sind im Bereich der Diözese Augsburg oder der benachbarten Diözese Konstanz (z.B. in Ulm) geschrieben worden. Im Bereich der lateinischen Handschriften überwiegt juristisches Schrifttum; zahlreich sind auch die liturgischen Handschriften. Bei den deutschen Handschriften überwiegt theologisch-katechetisches Schrifttum und Erbauungsliteratur. Bedeutend sind die Fragmente, von denen 13 aus dem 8. und 9. Jh. stammen. Thematisch reicht hier das Spektrum von Kirchenvätern bis zu medizinischen Texten. Auch wichtige deutschsprachige Fragmente finden sich: Die altalemannische Psalmenübersetzung aus dem 9. Jh., ein Willehalmfragment aus dem 13. Jh. und ein Tristanfragment aus dem 14. Jh. und ein Blatt mit Strophen aus dem Wartburgkrieg, das der Jenaer Liederhandschrift entstammt.