Der Nierenfunktionsverlust ist häufig mit einer glomerulären Schädigung assoziiert. Die differentielle Analyse des glomerulären Proteoms ermöglicht es, pathophysiologische Vorgänge der Niereninsuffizienz besser zu verstehen. Mittels differentieller, farbstoffmarkierte 2D-Gelelektrophorese kann ein Proteom aufgetrennt und die Expression von Proteinen qualitativ und quantitativ analysiert werden. In dieser Studie wurde die Voraussetzung geschaffen, kleinste Mengen des glomerulären Proteoms zu analysieren. Proteine wurden mit nanoLC-ESI-MS/MS identifiziert. Quantitative realtime PCR und Immunhistochemie wurden zur unabhängigen Bestätigung der Methode hinzugezogen. Das vorgestellte Analyseverfahren wurde auf das glomeruläre Proteom lasermikrodissezierter, humaner Glomeruli als auch auf isolierte Glomeruli von subtotal nephrektomierten und schein-operierten Mäusen angewendet. Die differentielle Proteomanalyse ermöglichte die Identifikation bestimmter Proteine, die wahrscheinlich an der Pathophysiologie der chronischen Niereninsuffizienz in diesem Modell beteiligt sind.