Domagk ist bisher als Forscher beschrieben, der völlig unbeeinflusst vom Nationalsozialismus geblieben ist. Dies war nur möglich, indem die Zeit des Nationalsozialismus ausgeblendet wurde. Darunter fallen auch seine Verdienste als Tuberkuloseforscher; nur unvollständig sind sie nach dem Krieg rezipiert worden. Sie hätten Domagks Eingebundenheit in das NS-System offenbart. Diese bleibt deshalb so unbekannt, weil seine Gestapo-Haftzeit ihn immun gegen kritisches Nachfragen machte. Auf Anordnung Hitlers wurde er im Zuge der Nobelpreisehrung für dreieinhalb Tage inhaftiert, was entgegen vorliegender Dokumente als Beweis seiner oppositionellen Haltung interpretiert wird. 
Seine von ihm Anfang der 1960er Jahre verfassten Lebenserinnerungen, in denen er sich durchaus als Hitlersympathisant zu erkennen gibt, werden ab 1990 zu einem authentischen Tagebuch umgedeutet, mit dessen Hilfe Domagks angeblich kritische Haltung im 3. Reich bewiesen werden soll. Ebenso kommt das Schicksal seines frühen Mitstreiters Paul Bosse und dessen Sulfonamidbuch von 1943 zur Sprache. Beide, Domagk und Bosse, setzten sich schon früh für die Behandlung von Kriegswunden mit Sulfonamiden ein.