Ce travail porte sur l'analyse physico chimique et phytochimique, avec une etude de l'activite antimicrobienne des huiles essentielles de deux plantes aromatiques et medicinales de la flore de sud-ouest Algerien; ces huiles essentielles se sont obtenues par hydro distillation des parties aeriennes de Cotula cinerea et Matricaria pubscens, La teneur en huile essentielle des plantes etudiees est de 2% pour Cotula cinerea, et 1,2% pour Matricaria pubscens. Des activites antibacteriennes et antifongique ont ete revelees vis-a-vis 7 souches a Gram+ et a Gram-, et de 4 souches de moisissures, en employant la methode des disques et de contact direct; Les concentrations minimales inhibitrices des huiles essentielles, ont ete determinees par la methode de dilution dans l'agar.D'une maniere generale Les huiles faisant l'objet de cette contribution ont montre une activite presque similaire contre les bacteries et les moisissures testees."