La carenza d'acqua è diventata un problema sempre più grave nella regione di Pondicherry. Le acque sotterranee sono diventate la principale fonte di approvvigionamento idrico per i settori domestico, industriale e agricolo di questa regione. Questo acquifero costiero condivide con gli acquiferi continentali molte caratteristiche idrogeologiche e c'è il rischio di un deterioramento della qualità dell'acqua. La regione di Pondicherry è un terreno sedimentario sequenziale composto da arenaria, sabbia e argilla, con presenza di lignite nelle formazioni del Mio-Pliocene, che indicano la presenza di carbonio organico in questi acquiferi. Anche la formazione di Cuddalore si trova in un ambiente riducente, grazie alla presenza di marcasite, torba e lignite. La formazione del tardo Cretaceo è costituita da calcari, argille sabbiose e arenarie depositate in ambiente marino, che fungono da fonti naturali di carbonio organico che viene poi lisciviato dai sedimenti alle acque sotterranee. Le fonti antropogeniche sono rappresentate principalmente da prodotti agrochimici, effluenti industriali, percolato di riempimento dei terreni e pratiche agricole.