Der Roman entwickelt seine dramatische Handlung an Schnittstellen von Vergangenheit, Gegenwart und Zukunft.Hauptfiguren von »Flut« sind Isabel und Melchior, ein Liebespaar, das zwischen sinnlichen Freuden und der qualvollen, da unerfüllten, Hoffnung auf Schwangerschaft hin und hergerissen ist, und dazu wird der Fischer Melchior auch noch verfolgt und bedroht. Weitere zentrale Figuren sind Manasse, ein herumwandernder Schausteller, und seine Begleiterin Niobe, eine taubstumme junge Frau, die dem Arzt Don Roque in der Praxis hilft, sowie der Ich-Erzähler, der als Fremder auf die Inseln kam. Der Schausteller hat ein »Raritätenkabinett« zusammengesammelt, Pflanzen und Tiere, die zu verschwinden drohen, Riesenechsen, der wasserspendende Garoe-Baum, der Drachenbaum, die blinden Krebse, Obsidian-rosen. Außerdem sammelt er Erinnerungen in Manuskripten. Der Ich-Erzähler findet in einer fiktiven Zukunft, die an eine dunkle Vergangenheit anschließt, diese Manuskripte. Er möchte sie übersetzen. Doch jeder Versuch, die Geschichte festzuhalten, scheint zu scheitern, da sich niemand mehr für Vergangenes interessiert. Währenddessen werden Leichen von Schiffbrüchigen von der Flut an die Strände gespült. Planken eines zerschellten Bootes schlagen an das Schiff, auf dem sich Melchior und Isabel lieben. Das Drama an den Grenzen zwischen Europa und dem afrikanischen Kontinent zeigt sich in wiederkehrenden Bildern auf unheimliche Art. Doch inmitten der unheimlichen Atmosphäre erscheinen die Inseln auch in ihrem fröhlichen Licht und die Menschen genießen ihr Leben.