Der Roman erzählt in vier Büchern von den abenteuerlichen Reisen des englischen Schiffsarztes Lemuel Gulliver. Im ersten Buch bricht Gulliver 1699 zu einer Schifffahrt in die Südsee auf. Als die Mannschaft Schiffbruch erleidet, kann er sich an den Strand der Insel Liliput retten. Während er schläft, wird er von den Bewohnern Liliputs, die um ein Vielfaches kleiner sind als er, gefesselt. Gullivers Aufgeschlossenheit für die Gepflogenheiten seiner Gastgeber und seine Bereitschaft, ihnen in einer kriegerischen Auseinandersetzung mit der verfeindeten Monarchie Blefuscu zu helfen, lassen ihn bald zu einem Helden werden. Durch eine Intrige verliert Gulliver schließlich das Vertrauen des Kaisers und sieht sich gezwungen, nach England zurückzukehren. Bald tritt er seine nächste Reise an, von der im zweiten Buch berichtet wird. In der Nähe von Madagaskar gerät sein Schiff in einen Sturm. Als die Mannschaft eine Insel entdeckt, machen sich Gulliver und einige Matrosen auf, um dort Wasser zu besorgen. Zu spät erkennen sie, dass die Insel, Brobdingnag genannt, von Riesen bewohnt wird. Allein zurückgelassen, gerät Gulliver in die Hände eines Bauern, der ihn auf einer Reise durch Brobdingnag als Attraktion zur Schau stellt und an den Königshof verkauft. Er gewinnt die Gunst des Königs, mit dem er Gespräche über England führt. Nach einigen Abenteuern wird er von einem Adler in die Lüfte entführt und über dem Meer fallen gelassen. Die Besatzung eines Schiffs rettet ihn und bringt ihn im Juni 1706 zurück in die Heimat. Trotz der erlittenen Gefahren beschließt Gulliver erneut auf Reisen zu gehen. Im dritten Buch wird er von Piraten gefangen genommen und landet auf der fliegenden Insel Laputa. Deren Bewohner befassen sich fast ausschließlich mit Mathematik, Musik und Astronomie, pflegen jedoch kaum mehr zwischenmenschliche Beziehungen. Er verlässt die Insel, um auch das zur laputischen Monarchie gehörende Festland Balnibarbi und seine Hauptstadt Lagado kennen zu lernen. Dort besucht er eine Akademie, in der an absurden Projekten wie etwa der Gewinnung von Schießpulver aus Eis oder der Mischung von Farben durch Blinde gearbeitet wird. Später gelangt Gulliver nach Japan und von dort aus zurück nach England. Im vierten Buch des Romans sticht Gulliver als Kapitän eines Schiffes in See. Nachdem seine Leute sich gegen ihn verschworen und ihn über längere Zeit in seiner Kajüte festgehalten haben, setzen sie ihn am Ufer eines unbekannten Landes aus. Auf seinem Weg ins Landesinnere begegnet er den ersten Houyhnhnms und Yahoos. Während die affenartigen Yahoos als Sinnbilder des Irrationalen von äußerster Hässlichkeit sind, erscheinen die tugendhaften Houyhnhnms in ihrer schönen Pferdegestalt als Inkarnationen des rein Rationalen. Von den Yahoos als Houyhnhnm und von den Houyhnhnms als Yahoo betrachtet, bemüht sich Gulliver um die Gunst der Houyhnhnms, die ihn jedoch des Landes verweisen. Nach seiner Rückkehr flieht Gulliver seine Mitmenschen, wird zum Menschenfeind und verbringt fortan seine Zeit in der Gesellschaft von Pferden.