En esta investigación se utiliza el paquete de modelación de acuíferos Modflow, en la cuenca del Río San Pedro, Sonora, México, teniendo como objetivo determinar el comportamiento hídrico de la cuenca, con la intención de dar pautas para su óptima utilización y manejo. Para lograr este objetivo se recabó información histórica del área de estudio obtenida de instancias como CNA, INEGI, Compañía Minera de Cananea, además de información generada ex profeso para el presente estudio. Esta última medición consistió en 6 cuantificaciones trimestrales de flujo de agua superficial en cinco puntos, y nivel estático en veinte pozos distribuidos a lo largo de la cuenca. Los resultados muestran que el acuífero se encuentra en equilibrio con tendencia en bajo grado a la pérdida de volumen de agua acumulado, aclarando que no se están tomando en cuenta los pozos explotados por la Compañía Minera. Si se sigue explotando el acuífero de la manera actual, en lo que se refiere a cantidad de agua extraída, no se corre riesgo considerable riesgo de sobreexplotación; sin embargo, si se requiere aumentar la extracción, es necesario implementar sistemas de recarga artificial en las áreas crítica.