Cette étude porte sur la caractérisation physico-chimique et paramètre de pollution organique de l¿eau, dans six zones humides naturelles de la vaste région du Sahara septentrional : le Lac Témacie, le Lac Mégarine et l¿Oued Still, l¿Oued Djedi, Lac Ayata, Oued Zemar (Biskra). Les prospections menées entre octobre 2016 et Mais 2017,ont montré que la majorité des site sont sont légèrement troubles, saumâtre ou salé avec une conductivité faible a fort selon la salinité, et d'un pH moyennement alcalin. Les concentrations des ions étudiés (NH4+ et PO4-3) sont élevées à l¿Oued Djedi et au Lac Ayata par rapport aux autres sites, et pour les Nitrite (NO2-) sont très élevées au niveau de l¿Oued Djedi que celle des autres sites. Les paramètres de pollution organique sont divers d¿un site à l¿autre. Les valeurs de MES (Matières En Suspensions) sont plus élevées pour les hydrosystème courants par rapport au hydrosystème stagnants, les valeurs de DCO (demande biologique en oxygène) sont variées entre (32 mg/l) et (85 mg/l), dénote d¿une pollution organique importante au niveau de Lac de Megarine et l¿Oued Still et l¿Oued Zemar (Biskra) qui sont beaucoup plus soumis à l¿action anthropique.