Cette étude se propose d'identifier les impacts des différents types géomorphologiques sur le fonctionnement hydrobiologique d'estuaires tropicaux. Quatre estuaires tropicaux ont été étudié à Madagascar et au Mozambique. Notre étude a mis en évidence un parallèle significatif entre la géomorphologie d'un estuaire tropical, son hydrobiologie et sa variabilité spatio-temporelle. Ainsi, un delta apparaît comme un milieu riche en biomasse chlorophyllienne et stable alors qu'un estuaire strict présente un niveau trophique plus faible, mais une variabilité plus élevée. Les facteurs imputables à ces observations sont discutés dans cette étude. Une application de ces observations à la recherche de l'emplacement optimal d'un site d'aquaculture ainsi qu'un parallèle avec les caractéristiques biologiques de la mangrove (zonations spécifiques et biologiques, colonisation) clôturent ce travail.