Le périmètre Guelma Bouchegouf et les zones de forte occupation humaine et d¿activités économiques restent exposés aux diverses pollutions (rejets urbains, industriels et l¿agriculture). A la vallée de la Seybouse, ce problème devient de plus en plus préoccupant particulièrement lors des périodes de transitions c'est-à-dire entre le mois de septembre et le mois de décembre caractérisant l¿arrêt des lâchées en provenance du barrage Hammam Debagh et le manque de précipitations tel que constaté ces dernières années. Dans ce cas les eaux présentes au niveau de l¿Oued Seybouse sont issues des différents rejets accentuant ainsi le risque de pollution. Les analyses réalisées sur les échantillons prélevés montrent une double pollution des eaux : -Une pollution bactériologique, -Une pollution par les éléments traces métalliques (ETM). Les eaux d'irrigation en provenance du barrage sont pompées directement de l¿Oued Seybouse sans aucun traitement préalable, ce qui peux provoquer une pollution des eaux.