Les lactobacilles peuvent être isolés à partir de fruits et de légumes, de cultures de selles humaines, d'agents antimicrobiens naturels, de fromages, de grains de kéfir, de produits laitiers et non laitiers, de lait fermenté et cru, de fèces de nourrissons allaités, de lait de lactation, de lait de brebis, de bufflonne et de vache, de yaourts, de boissons, de sources de volaille, de contenus de rumen d'animaux, de caecum de canard de pingouin, d'intestins de poulet et d'échantillons de fèces, d'aliments pour poulets, d'enzymes, etc. L'utilisation des probiotiques comme agents biothérapeutiques a déjà commencé et, dans un avenir proche, il est concevable qu'ils deviennent des outils efficaces dans le traitement de différents troubles.