Mikroorganismen spielen eine wichtige Rolle bei der Entstehung und dem Fortschreiten von Pulpa- und periapikalen Erkrankungen. Das Hauptziel der endodontischen Therapie besteht darin, die Wurzelkanalinfektion zu beseitigen und ein Milieu zu schaffen, in dem die verbleibenden Mikroorganismen nicht überleben können. Dies kann durch eine Kombination aus aseptischen Behandlungstechniken, chemomechanischer Aufbereitung des Wurzelkanals, antimikrobiellen Spüllösungen und intrakanalen Medikamenten erreicht werden. Zu den intrakanalen Medikamenten zählen alle Mittel mit beabsichtigter pharmakologischer Wirkung, die in den Wurzelkanal eingebracht werden. Während Spüllösungen auch eine antibakterielle Wirkung aufweisen, bezeichnen intrakanale Medikamente eher Medikamente, die im Wurzelkanal verbleiben, um dort über einen längeren Zeitraum ihre Wirkung zu entfalten. Zu den gängigen Mitteln gehören Calciumhydroxid, Antibiotika, nicht-phenolische Biozide, phenolische Biozide und Jodverbindungen. Die Wahl der Mittel hängt vom pulpalen und periapikalen Status des zu behandelnden Falls ab.