Tausend Jahre sind vergangen, seit unser Sonnensystem von den Gauna zerstört wurde. Das Raumschiff Sidonia reist durch den Weltraum und beherbergt die letzten Menschen, deren Population durch Geburtenkontrolle aufrecht erhalten wird. Tanikaze, der im untersten Deck der Sidonia aufgewachsen ist, wird als Mecha-Pilot ausgebildet und darf den Tsugumori steuern - ein altes, aber legendäres Mecha-Modell ...