Les systemes etudies par les sciences du vivant (agronomie, ecologie etc.) sont representes sous la forme de programmes de simulation numerique. Afin d'acceder a des objets de recherche pluridisciplinaires, ces programmes sont assembles au sein de plateformes logicielles. La these traite de questions semantiques generees par l'assemblage de programmes. Au travers de l'analyse d'exemples (MODCOM, OpenMI, VLE, APES, DSSAT et SEAMLESS-IF), nous montrons que les regles syntaxiques des langages d'assemblages limitent l'aptitude a representer les systemes complexes. Nous montrons aussi que l'efficience des metadonnees et ontologies depend des aspects implicites ayant prevalu a la representation des systemes. Afin d'acceder a l'implicite, nous proposons de decrire le contenu du programme de facon formelle. Un modele de description a ete etabli a partir de la linguistique pragmatique et de travaux en morphosyntaxe. L'interrogation partielle en mode direct permet de conferer une structure de description detaillee, basee sur les sept pronoms et adverbes que propose la langue francaise. Ce travail debouche sur la proposition d'un langage declaratif de description de systemes complexes."