Nous proposons dans ce travail une investigation sur les conditions d'évaluation des projets de recherche qui sont les étapes primitives dans la chaîne de valeur du médicament. Dans un premier, nous proposons une étude de la valorisation des projets de recherche dans un très grand laboratoire. Nous étudions en particulier les processus d'arbitrage, l'impact des logiques de contrôle interne et le poids des nouvelles normes comptables internationales (IFRS). Dans ce chapitre, nous proposons également une enquête réalisée à partir d'entretiens auprès de plusieurs directeurs financiers appartenant à différents grands laboratoires. Dans un second temps, nous testons empiriquement la relation des innovations à la valorisation du cours de bourse. Nous proposons une modélisation originale des projets de recherche dans une entreprise pharmaceutique.