La historia esta compuesta por dos narrativas principales vinculadas por una tercera, la voz del autor. Solo el autor es capaz de interpretar correctamente lo sucedido y es consciente de la importancia de la informacion que tiene en su poder, y va narrandolo siguiendo el orden en que el mismo fue descubriendo la verdad. Comienza con la muerte de un eminente profesor de la Universidad de Miskatonic y el estudio de los documentos con los que estaba trabajando. Estos incluyen un informe sobre un ataque perpetrado por una secta. Una investigacion sobre los miembros de la secta saca a la luz algunas pistas sobre la horrorosa criatura que veneran, Cthulhu. Este ser, que supuestamente llego con sus seguidores extraterrestres desde las estrellas millones de anos antes de la aparicion del Hombre, ahora descansa en un sueno profundo en su ciudad sumergida, R'lyeh. La segunda parte de la historia empieza con el cuaderno de bitacora del primer oficial de un barco que descubre la ciudad hundida, pues esta ha emergido a la superficie en el Oceano Pacifico. La ciudad emergio porque las estrellas eran propicias y el tiempo para el despertar de Cthulhu y sus engendros habia llegado."