La maîtrise des technologies de microfabrication, en particulier dans le domaine des sciences de la vie, ouvre sur un immense champ d¿applications. Au cours de ce travail de thèse, deux types de microsystèmes ont été développés : l'un dédié à la capture et à l¿analyse de cellules rares, l¿autre à la compréhension des mécanismes moléculaires responsables de dégénérescences axonales. Ces deux types de systèmes sont dédiés à des applications très différentes mais ont ceci en commun que ce sont tous les deux des systèmes microfluidiques, fabriqués avec le même type de méthodes et utilisés pour l¿analyse cellulaire. Avant d¿aborder le contexte scientifique de chacun des projets ainsi que leurs résultats expérimentaux respectifs, la première partie de ce mémoire est consacrée à la microfluidique: quelles sont les propriétés physiques de l¿écoulement des fluides dans ce type de systèmes et quelles sont les méthode utilisées pour les fabriquer? Quelle utilisation peut-on faire de ces dispositifs dans le domaine des sciences de la vie et en particulier quel est leur apports au niveau des analyses biochimiques, cliniques et de la compréhension des systèmes vivants ?