La mycologie alimentaire est la branche de la mycologie qui traite de l'étude des champignons dans les aliments. En mycologie alimentaire, nous étudions principalement les Champignons, les Levures et les Moisissures. La détérioration des aliments et des produits agricoles est un problème mondial et les principales causes de ce problème sont les levures et les moisissures. La croissance de moisissures dans les denrées alimentaires et les aliments pour animaux entraîne la production de mycotoxines. Les mycotoxines sont des produits chimiques toxiques et cancérigènes, et leur consommation pose de graves risques pour la santé des humains et des animaux. Les aliments qui ont des moisissures sont impropres à la consommation. Il arrive souvent qu'un aliment ne montrant aucun signe d'altération soit contaminé par des mycotoxines mortelles. Divers traitements et techniques sont utilisés par les technologues alimentaires pour identifier et analyser la production de mycotoxines dans les denrées alimentaires et les aliments pour animaux.