Les sillages de l'exode dcrit les msaventures de Simon, Slimane et Soraya qui assistent l'effondrement de leur rve commun, celui de voir natre une Algrie indpendante, laque, plurielle et cosmopolite. Il dcrit galement l'histoire d'un amour impossible, en Algrie en 1962, entre une jeune musulmane, Soraya, prise de libert et d'indpendance et un adolescent franais non musulman. Ils devront fuir les archasmes et forger leur destin, non sans opposition clanique et culturelle.