Une colonie d'archées libres habite également le cerveau en tant qu'archées endosymbiotiques. L'archée est capable de magnétoperception et de magnétotaxie. La mitochondrie est une protéobactérie et pourrait avoir évolué à partir d'une bactérie magnétotactique. Elle possède son propre ADN bactérien et peut subir des fissions et des fusions et former une colonie à l'extérieur de la cellule. Le cerveau possède un réseau mitochondrial extracellulaire qui est perceptif et magnétotactique et qui contrôle les fonctions cérébrales. Les grappes de mitochondries sont présentes dans les terminaisons nerveuses et jouent un rôle important dans la libération de neurotransmetteurs par le neurone présynaptique. Le réseau mitochondrial libre dans le cerveau agit comme une colonie bactérienne et contrôle les fonctions cérébrales et la neurotransmission. Les centres fer-soufre et les flavoprotéines des mitochondries sont capables de magnétoperception et rendent les mitochondries magnétotaxiques.