La caña de azúcar es uno de los cultivos industriales más importantes de las zonas tropicales y subtropicales del mundo. Los continuos esfuerzos de mejora genética para aumentar el azúcar y el rendimiento han dado lugar a un aumento significativo del rendimiento de la caña, pero se ha observado un estancamiento del crecimiento en términos de contenido de sacarosa. El origen multiespecífico, los altos niveles de ploidía y la constitución genética inestable han convertido a la caña de azúcar en un cultivo difícil para los fitomejoradores. Para cubrir el enorme genoma de la caña de azúcar se requiere un gran número de marcadores moleculares potencialmente informativos. El despliegue de tecnologías moleculares avanzadas facilita la detección de la asociación de rasgos objetivo con marcadores de ADN, que pueden ayudar a afinar y acelerar el ritmo de los programas de mejoramiento de la caña de azúcar. Los microsatélites o repeticiones de secuencia simple (SSR) son sistemas de marcadores versátiles debido a sus atributos genéticos heredados. El desarrollo de los marcadores microsatélites es el complemento atractivo que representa una herramienta poderosa para los estudios genéticos en el genoma de la caña de azúcar. En el presente libro se ha analizado la extracción de recursos genéticos EST para desarrollar marcadores SSR, sus aplicaciones en genética y mejoramiento de la caña de azúcar, gramíneas afines y otros cereales huérfanos.