La respiration microbienne océanique est considérée comme le principal processus de l'oxydation biologique de la matière organique (MO). Elle produit du CO2 métabolique estimé à environ 22 Pg C a-1. Les intensités respiratoires in situ sont généralement trop faibles (de plusieurs ordres de grandeur) pour être accessibles aux méthodes de mesure directes. Des sondes fluorescentes, comme le DiOC6(3) sont très sensibles à l'intensité de la différence de potentiel électrochimique du proton ΔμH+ qui caractérise les membranes plasmiques qui portent le système respiratoire chez les cellules procaryotes. Chez les mitochondries, le ΔμH+ présente une relation linéaire avec le flux d'oxygène. Les travaux de G. Grégori ont mis en évidence une relation linéaire entre la vitesse de respiration de D. tertiolecta et son intensité de fluorescence verte spécifique induite par le DiOC6(3). Il est donc possible de mesurer par cytométrie de flux la vitesse de respiration de la souche. A présent il s'agit d'étendre la méthode aux procaryotes hétérotrophes, principaux acteurs de la minéralisation de la MO dans l'océan. sont présentés dans cet ouvrage les résultats obtenus sur l'eubactérie P.nautica 617