Don Paolo Mojoli ha pubblicato San Francesco di Sales. Rinascere cristiani oggi. La "Filotea", le metafore vive e la fecondità spirituale, Bergamo-Torino, 2015 (seconda edizione); Come cera in mano a Dio. Docili allo Spirito con san Francesco di Sales, Bergamo 2017; Balbettare nello Spirito. Bagatelle "cuore a cuore", Bergamo 2018; Don Bosco discepolo e interprete di san Francesco di Sales, Bergamo 2019. I principali ambiti accademici di interesse sono: la storia e tematiche della spiritualità cristiana, in particolare il 1600 francese; la teoria e pedagogia nella direzione spirituale; i rapporti tra mistica, filosofia e psicologia.