Bei der Aufarbeitung pharmakologisch wirksamer Proteine werden häufig Antikörper eingesetzt. Die Herstellung proteinspezifischer Antikörper ist allerdings teuer und aufwendig, da diese in vivo gewonnen werden. Hierbei können synthetisch hergestellte einzelsträngige Oligonukleotide, so genannte Aptamere, als Alternative dienen. Um die Aptamere in der Proteinaufarbeitung nutzen zu können, werden sie an magnetische Partikel immobilisiert, wodurch zum einen die Wiederverwendbarkeit und zum anderen die einfache Verteilung in Prozessmedien und deren Abtrennung sichergestellt werden. Die Herstellung der Aptamerpartikel wurde optimiert, um die Parameter für die beste Oberflächenfunktionalisierung zu ermitteln. Die anschließenden Bindungsversuche wurden mit dem His-getaggten Protein GFP durchgeführt. Die Betrachtung der Spezifität der Partikel erfolgte in einer Proteinmischung sowie im Zelllysat. Zur Untersuchung der geringen Aptamerpartikelmengen in wiederholten Batch-Versuchen konnten bisherige Separatoren aufgrund hoher Verluste und den benötigten Partikelmengen nicht verwendet werden. Aus diesem Grund wurde ein Miniatur-Magnetseparator konstruiert, angewandt und mit einem bestehenden Separatorsystem verglichen.