Phytophthora megakarya est responsable de la pourriture brune qui ravage le cacaoyer en Afrique, mettant en péril la production mondiale de cacao. Cet agent pathogène endémique à l'Afrique y a probablement émergé suite à l'introduction du cacaoyer au 19e siècle. L'hypothèse la plus probable est celle d'un saut d'hôte à partir d'une plante native africaine. L'objectif de cette étude était d'identifier les populations source et les voies de migrations de cet agent pathogène. Pour cela, nous avons sélectionné 12 marqueurs SSR polymorphes et génotypé 727 souches anciennes et récentes, provenant de l'ensemble de la zone cacaoyère en Afrique (Cameroun, Gabon, Sao-Tomé, Nigeria, Togo, Ghana et Côte d'Ivoire). Les résultats ont montré que P. megakarya se reproduit selon un mode clonal strict. La présence des 5 groupes génétiques identifiés au Cameroun suggère une origine camerounaise. Les migrations à l'échelle continentale sont faibles, tandis que la forte dispersion à l'échelle du Cameroun met en évidence l'importance du facteur anthropique. Ce travail constitue par ailleurs une avancée dans le domaine épidémiologique et des méthodes de lutte plus ciblées pourront être proposées.