La gestion des perturbations (problèmes d'approvisionnement, défaillances des ressources, problèmes de qualité, ordres urgents...) est une problématique importante lors du pilotage de systèmes de production. Les architectures de pilotage existantes offrent peu de concepts à la fois spécifiquement dédiés et suffisamment génériques pour gérer une variété de types de perturbations. Dans ce contexte, l'immunité biologique représente un système naturellement capable de réagir et de s'adapter aux menaces qui guettent l'organisme hôte. Nous nous inspirons de ce système pour identifier les principales caractéristiques d'une architecture distribuée de pilotage. Cette architecture met en œuvre des fonctions suffisamment génériques et spécifiquement dédiées à la gestion des perturbations, telles que les fonctions de détection, d'identification et de réaction aux perturbations. Cette architecture est réalisée grâce à la technologie des systèmes multi agents, et permet en plus de capitaliser les connaissances sur les perturbations en vue d'une réutilisation future. Ce système s'intègre aux systèmes d'information et de prise de décision industriels existants tels que les systèmes ERP et MES.