Kyoko Sakura, die zusammen mit Yuma auf der Suche nach dem White Magical Girl Mami Tomoe ist, welche das Black Magical Girl ausschalten will, das für die Magical-Girl-Morde verantwortlich ist, und Homura Akemi, die einfach nur für Madoka Kanames Sicherheit sorgen will. Diese drei Magical Girls, die sich nie hätten begegnen sollen, teilen durch Orikos Pläne ein gemeinsames Schicksal. Ihr Leben steht auf dem Spiel... Und das in einer bereits vergangenen Zeitlinie...