O HIV-1 possui grande diversidade genética, sendo classificado em grupos, subtipos e sub-subtipos. Estudos sugerem que o comprometimento clínico dos pacientes pode ocorrer de forma distinta dependendo do subtipo, sendo a quantificação do RNA do HIV-1 uma ferramenta importante no monitoramento do tratamento antirretroviral e prognóstico da infecção. Sabendo-se que o HIV afeta diretamente o SNC, a quantificação do RNA do HIV-1 no LCR pode ser útil na avaliação da resposta à terapia em pacientes com alteração neurológica. O estudo objetivou quantificar o RNA do HIV-1 no plasma e LCR de pacientes infectados e correlacionar com características genotípicas e imunológicas do HIV-1, coinfecção com hepatite C e efetividade de penetração no SNC dos antirretrovirais em uso. Realizou-se a quantificação do RNA do HIV-1 no plasma e LCR de 68 pacientes: 38 genotipados em concentrado de leucócitos (env), 22 no plasma (pol) e 2 no LCR (pol). A padronização da genotipagem em amostras de concentrado de leucócitos e LCR e a quantificação do RNA do HIV-1 no LCR foram realizadas com sucesso. Houve correlação linear positiva entre a quantificação do RNA do HIV-1 no plasma e no LCR.