Les cultures sont colonis es par des communaut s microbiennes complexes, dont certaines sont nuisibles et provoquent des maladies, tandis que d'autres favorisent la croissance des plantes et am liorent l'acquisition des nutriments et la tol rance aux stress biotiques et abiotiques par une multitude de m canismes . Les champignons ou les bact ries qui se d veloppent l'int rieur du tissu v g tal sans causer de dommages l'h te sont appel s endophytes. Ils s'associent la majorit des esp ces v g tales pr sentes dans les cosyst mes naturels et am nag s. Les endophytes sont consid r s comme d'importants partenaires v g taux qui jouent un r le important dans l'am lioration de la tol rance au stress de l'h te par rapport ceux qui n'ont pas cette symbiose]. La plupart des endophytes se trouvent sans aucun effet connu, mais de nombreuses bact ries et champignons tablissent une association mutualiste ou pathog ne avec la plante h te. La plupart du temps, le r sultat des interactions d pend de facteurs environnementaux, du g notype de l'h te et du micro-organisme en interaction. Les endophytes sont les micro-organismes qui colonisent sans sympt mes les tissus v g taux vivants sans provoquer d'effet n gatif imm diat et manifeste sur la plante.