Ghost, Cormac und Kate haben außergewöhnliche Fähigkeiten. Daher werden sie für die Ninja-Schule "Schwarzer Lotus" rekrutiert. Doch als ein machthungriger Shogun von dort das Mondschwert klaut, um damit die Weltherrschaft an sich zu reißen, unterbrechen sie ihre Ausbildung und landen plötzlich im 16. Jahrhundert in Japan. Sie müssen das wilde Samurai-Heer aufhalten und gleichzeitig einen Weg zurück in die Gegenwart finden, bevor es zu spät ist.