Selbst Jahrhunderte später werden die letzten Jahrzehnte des zwanzigsten Jahrhunderts - von denen, die die Wahrheit kennen - immer noch als das dunkelste und gefährlichste Kapitel der Menschheitsgeschichte betrachtet. Es gibt noch viele offene Fragen über die schrecklichen Eugenischen Kriege, die während der 1990er auf der Erde tobten. Es war ein apokalyptischer Konflikt, der die Zivilisation an den Rand eines neuen finsteren Mittelalters brachte. Als eine uralte und verbotene Technologie die Menschheit erneut verlockt, muss Captain James T. Kirk tief in die Geheimnisse der Vergangenheit vordringen, um den wahren Ursprung der berüchtigten Eugenischen Kriege zu entdecken ... sowie den Ursprung des Mannes, der zum vielleicht gefährlichsten Gegner wurde, dem er sich jemals gegenübersah. Die Kinder von Chrysalis sind erwachsen geworden und demonstrieren rasch, dass größere Fähigkeiten zu größerem Ehrgeiz führen. Das bemerkenswerteste Exemplar dieser neuen Superrasse scheint der charismatische Khan Noonien Singh zu sein. Dieser intrigiert hinter den Kulissen der Geschichte als Kopf einer weltweiten Verschwörung, und schnell erstreckt sich Khans Macht über ein Viertel des Planeten. Doch das ist nur der Beginn seines großen Plans. Khan ist entschlossen, die Menschheit unter der aufgeklärten Herrschaft einer genetischen Elite zu vereinen und träumt davon, seine übermenschlichen Geschwister zur totalen Weltherrschaft zu führen.