Dans les films nanométriques, les contraintes induites par l¿épitaxie sur des substrats et la mobilité atomique permettent de stabiliser des structures anisotropes inexistantes dans les diagrammes de phase des massifs ou difficiles à obtenir en utilisant les techniques classiques. Dans ce context, ce travail est dédié à l¿étude des couches d¿alliages à base de Co déposées par épitaxie par jet moléculaire. Nous avons constaté que l¿ordre chimique est stable pour le système CoPt et métastable pour CoRu et proposer un mécanisme de croissance commun aux deux systèmes. La partie la plus originale a été la mise en place d¿une technique de caractérisation nouvelle (DAFS) pour déterminer l¿ordre local dans ces couches. Cette technique consiste à suivre l¿intensité d¿une raie de diffraction en fonction de l¿énergie des photons incidents au delà des seuils et donne une information structurale locale chimiquement sélective. Nous avons ainsi montré que les couches CoPt sont composées d¿une phase partiellement ordonnée de type L10. En l'appliquant aux couches de siliciures de Fe et Co, nous avons mis en évidence l¿insertion du Fe en substitution du Co dans la phase d¿équilibre du CoSi2.