Ballaststoffe und Humanarzneimittel - Antibiotika und Nicht-Antibiotika - können die Darmflora modulieren und das Wachstum von Kolonarchaeen und die Endosymbiose hervorrufen, was zu Klimaveränderungen, der Entwicklung von Superbugs und neu auftretenden Viren führt und den Phänotyp der Krankheit hervorruft. Eine ballaststoffreiche Ernährung wird von der Darmflora verdaut, was zur Bildung kurzkettiger Fettsäuren führt und das Wachstum von Endosymbionten und Kolonarchaeen hemmt. Eine ballaststoffarme Ernährung verändert also das Darmmikrobiom im Dickdarm und fördert das Wachstum von Archaeen. Die Archaeen entwickeln schützende Mechanismen der Antibiotikaresistenz und dominieren die Mikroflora des Dickdarms. Die Dickdarmarchaeen übertragen durch natürliche Selektion und DNA-/Gen-Austausch mit anderen Dickdarm- und endosymbiotischen Organismen die Gene für die Antibiotikaresistenz auf andere Dickdarmflora. Dies bildet die Grundlage für die Entstehung von Superbugs, die gegen alle Antibiotika resistent sind. Die Kolonarchaea erzeugt auch RNA-Viroide, die von der HERV-Reverse-Transkriptase des Kolonepithels in DNA-Viroide umgewandelt und in das Kolongenom integriert werden. Die RNA- und DNA-Viroide hybridisieren mit der Viroid- und Bakterienpopulation des Darmmikrobioms und der DNA und RNA des Darmvirobioms, was zur Entstehung von Viren führt.