Du fait de leur grande exactitude, les comparaisons de frequences atomiques permettent de realiser des tests tres contraignants des lois fondamentales de la physique. Les developpements recents lies a l'utilisation d'atomes froids, aux progres des etalons optiques de frequence et au perfectionnement des methodes de mesure des frequences optiques, permettent de prevoir une amelioration tres significative de ces tests. Dans ce memoire, on montre d'abord comment des comparaisons de frequences atomiques permettent de tester le Principe d'equivalence qui est a la base de la Relativite Generale. Plus precisement, ces comparaisons constituent des tests de la stabilite de certaines constantes fondamentales comme la constante de structure fine. La suite du memoire decrit le developpement d'une fontaine a atomes froids de cesium 133 et de rubidium 87 permettant de comparer les frequences hyperfines de ces deux atomes."