La theorie des perturbations canonique est un outil tres interessant en physique moleculaire. Elle consiste en une serie de transformations canoniques (ou unitaires en mecanique quantique), qui ont pour but de reecrire l'Hamiltonien sous une forme plus simple (c'est a dire avec autant de constantes du mouvement ou de bons nombres quantiques que possible) sans modifier la dynamique de la molecule. Cependant, cette methode ne pouvait s'appliquer, dans le domaine des etats vibrationnellement excites, qu'aux mouvements autour d'un seul minimum. C'est pourquoi seules les molecules rigides decrites par une seule surface electronique non couplee avaient pu etre etudiees. Nous avons developpe deux versions modifiees de cette theorie, la premiere s'appliquant a des systemes non-rigides avec plusieurs positions d'equilibre et la seconde a la dynamique non-adiabatique. Finalement, nous montrons que les Hamiltoniens effectifs, obtenus par theorie des perturbations, simplifient grandement l'etude de la dynamique en termes de bifurcations classiques et d'orbites periodiques."