Les objectifs de ce travail visaient a determiner l'importance qualitative, quantitative et fonctionnelle des virus dans le Lac Pavin, en tenant compte des gradients lies a la profondeur. Nous montrons que la dynamique de la diversite, de l'abondance et de l'activite lytique du virioplancton du lac est etroitement associee a celle des communautes microbiennes. La prise en compte de l'ensemble de la colonne d'eau indique que la structure des reseaux trophiques microbiens et la place des virus dans ces reseaux dependent de la profondeur. Finalement, jusqu'a 16 % du bacterioplancton serait lysogene. Ce mode de vie, antagoniste a celui lytique, depend de la disponibilite de l'hote et serait un mecanisme de survie virale, pouvant avoir une incidence sur l'evolution adaptative des hotes. Ces resultats montrent que les virus seraient essentiels dans la diversification et l'ecologie des communautes microbiennes, et dans les flux de matiere et d'energie circulant dans la colonne d'eau."