Il Burundi è dotato di una grande ricchezza di ecosistemi naturali e di biodiversità vegetale e animale, dovuta principalmente alla diversità delle condizioni ecologiche. È suddiviso in 11 regioni naturali che possono essere raggruppate in cinque zone ecologiche: la Pianura di Imbo a ovest; la dorsale Congo-Nilo; gli Altipiani centrali; la Depressione di Moso a est, le Scarpate di Mumirwa e la Depressione di Bugesera a nord-est.