As proteínas são os principais componentes das vias metabólicas fisiológicas das células. O aparecimento, progressão e gravidade da doença periodontal são principalmente mediados por várias moléculas proteicas. A utilização de proteínas como biomarcadores de diagnóstico nas doenças periodontais tem aumentado nos últimos anos. A proteómica é o ramo da biologia molecular que envolve o estudo das propriedades proteicas em grande escala que ajuda a compreender os processos da doença a nível proteico. A saliva e outros fluidos orais fornecem informações clinicamente relevantes, uma vez que contêm biomarcadores proteicos de diagnóstico de doenças periodontais. Estes biomarcadores proteómicos incorporam várias enzimas hospedeiras e derivadas de bactérias, factores de virulência e mediadores inflamatórios que são os principais culpados dos principais processos patogénicos na doença periodontal - inflamação, degradação do colagénio e reabsorção óssea. Neste artigo de revisão foi feita uma tentativa de rever a importância da proteómica no diagnóstico e avaliação da progressão das doenças periodontais.