La bioinformatique joue des roles importants dans la recherche biologique et medicale. Elle s'interesse au developpement des outils pratiques pour la gestion des donnees et leur analyse. Les algorithmes utilises dans le domaine de comparaison de sequences genetiques necessitent des systemes a grande puissance de traitement, d'ou le defi de calcul a haute performance de ces applications. Nous presentons deux types de parallelisations, materielle et logicielle, avec l'apport de leurs performances obtenues."