Les flux de matière organique et leurs impacts sur le milieu aquatique sont abordés ici avec des approches numériques, expérimentales, et dans des environnements de dimensions caractéristiques très variables: l'océan côtier, les stations d'épuration et les rivières... Les questions posées sont elles aussi très différentes: l'origine et le devenir de la matière organique, son rôle dans la régulation par l'océan de la pression partielle atmosphérique en dioxyde de carbone; les interactions de la matière organique avec les micro-polluants, dont elle peut temporairement moduler la biodisponibilité. Ces questions scientifiques sont aujourd'hui au cœur de la problématique de durabilité de notre société, et les écosystèmes ont leur réponse: en absorbant pour partie, et peut-être temporairement, les excès de dioxyde de carbone, en s'adaptant, avec un coût énergétique et génétique que nous soupçonnons à peine, à l'acidification progressive des océans et aux rejets toxiques de nos sociétés. Nous contemplons aujourd'hui dans les milieux aquatiques le reflet de l'urbanisation et de l'industrialisation du continent.