Cette these presente les developpements bioinformatiques ayant abouti a la creation de 2 logiciels. Tout d'abord, nous plongerons dans l'inference phylogenetique, presentant un etat de l'art du domaine puis en detaillant l'implementation de MetaPIGA 2, un logiciel qui permet d'inferer une phylogenie via l'utilisation de meta-heuristiques. Quatre meta-heuristiques ont ete adaptees pour cette problematique: un hill climbing, un recuit simule, un algorithme genetique et l'algorithme genetique meta-populationnel. Ensuite, nous mettrons en avant une approche phylogenetique pour la genomique comparative, en developpant le logiciel MANTiS, qui permet d'explorer le contenu d'une selection de genomes eucaryotes le long d'une phylogenie. Nous y expliquerons comment les relations d'homologie sont identifiees a l'aide d'arbres phylogenetiques, et comment nous pouvons suivre l'historique des evenements de duplication au cours de l'evolution, determiner quand un caractere a ete gagne et perdu, reconstituer le contenu des genomes ancestraux, et etudier l'evolution fonctionnelle d'un genome au cours du temps. Cet ouvrage s'adresse aussi bien a qui s'interesse a la biologie et/ou a l'informatique."